菌落總數通常用來判斷食品被微生物細菌污染的程度，菌落總數的多少一般標志著食品衛生質量的好壞。食品菌落總數超標，說明食品致病菌污染幾率增加，而這種食品很大幾率會危害食用者的身體健康。食品不同的種類有著不同的食品安全認證，菌落總數的限量也根據食物的原材料、生產加工工藝等的不同而有一定的差異。

    從衛生角度來說，超過了菌落總數標準，就會被列入衛生不合格產品。如果菌落總數超標嚴重，可能會造成腹瀉。

    上海市市場監督管理局抽檢發現，標稱河南豫道農業科技發展有限公司生產的重慶小面（非油炸方便面）（面餅+配料135克 面餅65克/盒，豫道食品，2022-02-11）菌落總數不合格，檢驗結果為6.3×10?CFU/g,4.3×10?CFU/g,5.2×10?CFU/g,5.9×10?CFU/g,6.1×10?CFU/g，標準值為n=5,c=2,m=10?,M=10?CFU/g。

    ATP熒光檢測儀能夠快速檢測食品中菌落總數，國內菌落總數檢測儀器有很多方法學儀器；普遍使用的儀器就是ATP熒光檢測儀。

    ATP熒光檢測儀用途廣泛，可用于食品、醫藥衛生、醫藥、日化、造紙、工業水處理、國防以及環保、水政、海關出入境檢疫及其他執法部門等多種行業 。

    ATP熒光檢測儀基于螢火蟲發光原理，利用“熒光素酶—熒光素體系”快速檢測三磷酸腺苷（ATP）。由于所有生物活細胞中含有恒量的ATP，所以ATP含量可以清晰地表明樣品中微生物與其他生物殘余的多少，用于判斷衛生狀況。